Župnija sv. Petra in Pavla je bila ustanovljena leta 1785, ko je bil sedež župnije prenesen od sv. Ožbalta v minoritski samostan. Župnija je zajemala predvsem okolico Ptuja s slovensko govorečim prebivalstvom. Ker je bilo v mestu tedaj veliko nemško govorečega prebivalstva, se je samostanska cerkev uveljavila tudi kot pomembno bogoslužno središče slovenskih vernikov, zato je v zgodovinskem spominu ostala zapisana kot »slovenska« cerkev.

Korenine samega minoritskega samostana in cerkve pa segajo mnogo globlje, v 13. stoletje. Po zgodovinskih virih so minoriti samostan in cerkev gradili med letoma 1255 in 1280, s pomočjo ptujskih gospodov. Cerkev sv. Petra in Pavla velja za eno zgodnejših gotskih cerkva na Slovenskem. Iz zgodnjega obdobja izvira tudi znamenita gotska podoba Marije z Detetom, znana kot Ptujska Madona, ter ostanki freske sv. Frančiška Asiškega iz druge polovice 13. stoletja, ki potrjujejo starost cerkvenega prostora.

Ptuj v Stari Kaiserjevi suiti (ok. 1825-1832) - vir: www.kamra.si