V 17. stoletju je bil kompleks temeljito prenovljen. Med letoma 1677 in 1696 so samostan nadzidali, razširili in cerkev barokizirali. V tem času je nastalo tudi mogočno cerkveno pročelje, ki je postalo ena najbolj prepoznavnih podob minoritskega kompleksa na Ptuju. V naslednjih desetletjih je cerkev dobila še bogato oltarno, kiparsko in liturgično opremo, med drugim dela, povezana z baročnim kiparjem Jožefom Straubom.

Minoritski samostan ni bil le versko, ampak tudi širše kulturno središče. Skozi stoletja je oblikoval duhovno življenje mesta in okolice, danes pa njegov pomen presega zgolj župnijske okvire, saj je pomemben del kulturne dediščine Ptuja in Slovenije.

 
Notranjost minoritske cerkve, ok. 1931 - vir: www.kamra.si